Animenin konusu iki Japon ninja kabilesinin birbiriyle savaşıdır.İki kabilenin reisi birbirine aşıktır fakat birbirlerini eninde sonunda öldürmek zorunda kalacaklardır.
Yüzyıllarca süregelmiş bu kan davasının önüne Hattori Hanzo'nun koyduğu saldırmazlık anlaşması geçmiştir.Ancak tahtı devralmış olan Shogun İehatsu bu saldırmazlık anlaşmasını fes etmiştir.Bunun amacı sıradaki Shogun'u belirlemektir.Her iki klan da(İga ve Kouga)farklı bir varisi temsil etmektedir.Kabilelerin en önemli 10 ninjasının ismi ninja kan davası sicili adı verilen parşömende yazılıdır.Ölen ninjaların adı kendi kendi kanıyla silinir.Tüm ninjaları ölen kabile yenilmiş sayılır ve temsil ettiği varis Shogunluğa yükselemez.
Kouga 10'lusu:
Kouga Gennosuke
Kouga kabilesinin reisidir.Ninja tekniği olan kem göz tekniği sayesinde kendisine art niyetle yaklaşan birisinin saldırısını ayna gibi saldırana geri çevirir.
Kouga Danjo
Gennosuke'nin dedesidir.Tekniği anime boyunca açıklanmamıştır.
Muroga Hyouma
Gennosukenin dayısı ve eğitmenidir.Gennosuke ile aynı tekniği kullanmaktadır.
Kagerou
Gennosuke'ye sırılsıklam aşıktır.Ancak bir erkekle temas ettiğinde nefesi zehre dönüşmektedir.
Kisaragi Saemon
Kouga için önemli hizmetler vermiş bir ninjadır.başkalarının kılığına girme ve sesini taklit etme yeteneğine sahiptir.
Kasumi Gyoubu
Babası İga tarafından öldürüldüğü için İga'dan nefret etmektedir.Duvarların ve yerin içine girebilme yeteneğine sahiptir.
Okoi
Saemon'un kız kardeşitir.insanlara temas ettiğinde onların kanını kendine çeker.Böylece temas ettiği yerden insanlara yapışır.Ayrıca birinin kanını emdiğinde o kişi ölür.
Udono Jousuke
Kougadaki en sapık ninjadır.Esneklik yeteneği sayesinde kendisine vurulduğunda etkilenmez.
Jimushi Jubei
Kolları ve bacakları yoktur fakat bir köstebek gibi yerde hareket edebilir. Dilini uzatma yeteneği sayesinde her zaman karnının içinde taşıdığı kılıcı çıkarır ve kurbanına saplar.
Kazamachi Shogen
Örümceğimsi ninjadır.Özel yeteneği dilindeki bir delikten attığı örümcek ağına benzer tutkal kadar yapışkan balgamıdır.
İga 10'lusu:
Oboro
İga kabilesinin lideri.Gizem gözü tekniği sayesinde başkalarının ninja tekniğini etkisiz hale getirebilir.
Ogen
Oboro'nun büyükannesi.Tekniği anime boyunca açıklanmamıştır.
Yakushiji Tenzen
Oboro zayıf bir lider olduğu için kabilenin lideri gibi davranıyor.Animedeki en iyi entrika kurucusu.Ninja tekniği ise kafası bedeninden ayrılmadıkça ölmemesidir.
Akeginu
Oboro'ya en yakın kişi.Tekniği ise vücudundan kanlar çıkararak bunların arasında gizlenmesidir.
Chikuma Koshirou
Oboro'ya aşıktır.Yanında taşıdığı oraklar bumerang özelliğine sahiptir.Ninja tekniği iset hortum yaratabilmesidir.
Amayo Jingoro
İga'nın en önemsiz ninjalarından biri.Lakin birini öldürmüştür.Ninja tekniği ise tuza temas ettiğinde eriyerek suya temas edince normale dönmesidir.
Mino Nenki
Kurnaz bir ninjadır.Kullandığı ninja tekniği ise vücudundaki kılları uzatabilmesidir.
Hotarubi
Nenkiyle iyi bir takım oluşturuyor.Ninja tekniği kendine ait yılan ve kelebekler çıkarabilmesidir.
Yashamaru
Hotarubinin sevgilisi.Özel gücü vücudunun her yerini kaplayan keskin tellerdir..
Azuki Rousai
Yaşlı ancak güçlü bir ninja.kollarını ve bacaklarını uzatabilme yeteneğine sahiptir.
----------------------------------------------------------------------------------
Ayrıca Basilisk animesini "Shinobi" adlı bir filmi de vardır.
Özet
Bir zamanlar yetenekleri ile kimsenin baş edemeyeceği karanlığın insanları vardı. Sadece savaşmak için yaşayan bu gölgelerin savaşçıları “Shinobi” olarak bilinirlerdi. Iga ve Koga iki köyün ninja soylarıydı. Her iki boyunda farklı üstünlükleri vardı. Her iki boyda 400 yıl boyunca Shinobi’nin gizemli sanatları ile sayısız ninja yetiştirmişlerdi.Yüzyıllar süren savaşlardan sonra topraklara barış gelir ve Shinobi boyundan gelen bir adam bir başka boydan kızla tanışır ve hikayemiz burada başlar